In der orthomolekularen Medizin geht es darum, eventuelle Nährstoffmängel aufzuspüren und auszugleichen. Dabei kommen Stoffe wie Eisen, Zink, Magnesium, Vitamine oder auch "gute" Darmbakterien (Probiotika) in teilweise hoher Dosierung zum Einsatz.  Auch in Kombination mit naturheilkundlichen Verfahren oder als komplementäre Maßnahme zu schulmedizinischen Behandlungen kann die orthomolekulare Medizin vielfach positiv unterstützen.

Probiotika sind "gesunde" Darmbakterien, die über Nahrungsergänzungsmittel zugeführt werden können. In unserem Darm leben Milliarden von Bakterien, die auch Darmflora oder Mikrobiom genannt werden. Diese Bakterien sind unentbehrlich für unsere Gesundheit. Sie stärken unser Immunsystem, helfen bei der Verdauung und vieles mehr. Durch einseitige Ernährung oder Medikamente (beispielsweise Antibiotika) kann das Mikrobiom in ein Ungleichgewicht geraten. Die richtigen Probiotika können hier ausgleichend wirken und so der Darmflora bei ihrer Arbeit behilflich sein.

Ein Mangel an Mikronährstoffen lässt sich durch einen Bluttest nachweisen. Die Symptome bei Nährstoffmangel sind häufig unspezifisch. Müdigkeit, Konzentrations- und Muskelschwäche können beispielsweise bei einem Magnesiummangel vorkommen, ebenso wie Wadenkrämpfe, Kopfschmerzen, Verspannte Schulter-Nackenmuskulatur, Verstopfung oder Herzrhythmusstörungen. Ein Eisenmangel kann sich ebenfalls durch Müdigkeit und Konzentrationsstörungen, aber auch durch Haarausfall, Blässe, Schwindel oder aufgerissene Mundwinkel äußern. Eine Vitamin B12-Mangelanämie geht häufig  mit den gleichen Symptomen einher, wobei dabei auch noch neurologische Beschwerden hinzukommen können, wie beispielsweise Taubheitsgefühle. Es ist also fast unmöglich, den Mangel an einem bestimmten Nährstoff nur anhand der Symptome zu erkennen. Hier kann nur ein Bluttest Klarheit schaffen.